Séminaire de Probabilités et Statistique :

Le 24 novembre 2008 à 10:30 - UM2 - Bât 09 - Salle 331 (3ème ét.)

Présentée par Grusea Simona - Université de Provence

"Mesures pour l'exceptionalité de l'ordre des gènes dans des régions génomiques conservées"

Le but de ce travail est de trouver de ``bonnes'' mesures pour quantifier l'exceptionalité de l'ordre des gènes orthologues dans des régions génomiques conservées entre différentes espèces. Ici, ``bonnes'' signifie biologiquement pertinentes et en même temps accessibles du point de vue computationnel. Nous nous intéressons au cas des clusters trouvés par une approche de type « région de référence », qui consiste à partir d'une région génomique fixée chez une certaine espèce A et de chercher des clusters orthologues significatifs dans le génome entier d'une autre espèce B. Nous proposons trois mesures basées sur la distance de transposition dans le groupe des permutations. Nous avons obtenu analytiquement leur distribution pour une permutation aléatoire, i.e. sous l'hypothèse nulle d'ordre aléatoire des gènes. Nos résultats peuvent aider à renforcer la puissance des tests statistiques pour la détection de régions génomiques conservées, qui prennent en compte seulement la proximité des gènes orthologues et pas leur ordre.