Séminaire de Probabilités et Statistique :

Le 31 mai 2010 à 15:00 - CIRAD, amphi Jacques Alliot

Présentée par Franc Alain - INRA, BioGeCo, Bordeaux

Quelques points de méthodes sur le barcoding. Application à la diversité des arbres en forêt tropicale humide

Le barcoding est un enjeu défini au début des années 2000 par Hebert & al. Il vise à reconnaître tout organisme au niveau spécifique via la signature d’un marqueur moléculaire résolutif au niveau de l’espèce, universel sur l’ensemble du vivant, et facile à amplifier et séquencer. Le CO1 a ainsi été défini, à l’origine sur les papillons. Cet enjeu est‐il à portée sur les plantes ? La taxonomie d’un autre côté est une discipline ancienne, voire vénérable, qui a profondément intégré depuis Linné les différentes révolutions tant conceptuelles (génétique, évolution) que technologiques (microscope, cytologie, séquençage ADN). Ne vaut‐il pas mieux intégrer l’information moléculaire à la démarche en systématique et taxonomie, plutôt que se cantonner à une approche ? Ces questions seront visitées à l’occasion des plantes, et plus particulièrement des arbres. Quelques possibilités de mise en relation de la variabilité moléculaire et de la taxonomie seront présentées, Le rôle de l’introgression sera souligné. Le barcoding n’est‐il pas une taxonomie numérique « phénotypique » sur un signal moléculaire, le barcode ? Les méthodes de taxonomie numérique se sont développées dans les années 70. Quels liens avec le barcoding, qui repose principalement sur le BLAST sur de grandes bases de données ? Ne faut‐il pas ouvrir sur des patterns de diversité moléculaire à partir de grands inventaires, plutôt qu’un simple diagnostic échantillon par échantillon ? Enfin, le cadre naturel de la systématique est celui de l’évolution, où les taxa sont des clades de phylogénies. Quelques liens à construire entre barcoding et phylogénies moléculaires (ce sont souvent les mêmes marqueurs qui sont utilisés) seront présentés, ainsi que quelques éclairages à partir d’un travail en cours sur un atlas de variabilité moléculaire des arbres de Guyane, en collaboration entre plusieurs unités.