Séminaire de Probabilités et Statistique :

Le 07 janvier 2013 à 15:00 - UM2 - Bât 09 - Salle 331 (3ème étage)

Présentée par Berard Jean - Université Lyon 1

Modèles de substitutions de nucléotides avec dépendance au contexte

Les modèles classiques utilisés en évolution moléculaire supposent que les différents sites d'une séquence d'ADN évoluent indépendamment les uns des autres. Cependant, il est connu que cette hypothèse n'est pas toujours réaliste, comme le montre l'exemple de l'hypermutabilité des dinucléotides CpG. Dans cet exposé, je présenterai une classe de modèles d'évolution intégrant ce type d'influence des voisins sur les taux de substitution, et discuterai différents aspects (ergodicité et mesures stationnaires, simulation parfaite, inférence statistique, méthodes numériques de calcul de la vraisemblance) de ces modèles et de leur utilisation.