Séminaire de Probabilités et Statistique :

Le 20 avril 2015 à 15:00 - UM2 - Bât 09 - Salle de conférence (1er étage)

Présentée par Carré Clément - Université de Montpellier - INRA

FRANK (Fast Randomizing Algorithm for Network Knowledge) au service de l'apprentissage des réseaux de gènes.

Les réseaux de régulation de gènes sont à la base de phénomènes biologiques majeurs. Leur compréhension pourrait à terme permettre de contrôler le comportement des cellules et par conséquent aurait des applications aussi bien en médecine, qu'en agriculture, ou biotechnologie... Les tentatives du moment ont pour but de reconstruire les réseaux à partir de données expérimentales d'expression des gènes (puces à ADN/microarray/NGS). La problématique est cependant que les réseaux réels ne sont pas connus et qu'il est difficilement possible de tester la validité des approches d'apprentissage. Ici nous prenons le chemin inverse. En effet, je présenterai FRANK, un algorithme de simulation de réseaux de très grande taille respectant des contraintes spécifiques aux réseaux de transcription géniques. Ces contraintes sont parcimonie, scale-free, et spectre contraint. FRANK permet de simuler une quantité quasi illimitée d'expression de gènes. Les données générées par FRANK permettent dés lors d'entraîner les algorithmes d'apprentissage pour, dans un futur proche, appliquer ces derniers à des données réelles.