Séminaire de Probabilités et Statistique :

Le 05 octobre 2020 à 13:45 - UM - Bât 09 - Salle de conférence (1er étage)

Présentée par Grollemund Paul-Marie - Laboratoire de Mathématiques Blaise Pascal - Université Clermont Auvergne

Phylogenetic subtrees modelling to study HIV epidemic in King County

L'étude de la propagation des maladies infectieuses passe par l'analyse du génome du virus chez les personnes infectées. La richesse de données obtenues permet de reconstruire des arbres phylogénétiques, qui retracent l'historique des différentes lignées du virus, ce qui permet d'avoir de manière indirecte un indice des dynamiques de transmissions du virus chez l'espèce hôte.

Dans ce cadre-là, un paramètre central à étudier est R0 : le taux de transmissibilité du virus pour une personne. Cette quantité peut s'exprimer à partir de la chaîne de transmission qui correspond à un sous-arbre de l'arbre phylogénétique du virus. Pour éviter certains biais (d'échantillonnage) et de corriger l'estimateur de ce paramètre, la modélisation envisagée consiste à "augmenter" les données en se basant sur une information a priori.

Lors de ce séminaire, nous présenterons un modèle bayésien hiérarchique non-paramétrique utilisé pour modéliser des sous-arbres latents à partir de sous-arbres observées et d'information a priori.



INSCRIPTION pour participation sur place (limité à 15 personnes) : https://framaforms.org/seminaire-de-probabilites-et-statistiques-du-0510-1601307430

WEBINAIRE ouvert à toutes et tous : https://umontpellier-fr.zoom.us/j/85813807839