Séance Séminaire

Séminaire des Doctorant·e·s

Prédiction des sites de fixations des facteurs de transcription

Au sein de chaque organisme, l?expression du génome est étroitement contrôlée pour assurer une grande diversité de types cellulaires et de fonctions. Le développement de cancers et autres pathologies humaines est lié à des dérégulations de ces contrôles. Les régulations de cette expression ont lieu à plusieurs niveaux, notamment au niveau transcriptionnel avec l?action de facteurs de transcription (TF). Les TFs sont des protéines qui se lient à l?ADN au niveau des régions régulatrices et viennent ainsi inhiber ou stimuler la transcription de leur gène cible. Les TF se fixent sur des morceaux de séquence d'ADN particuliers appelés sites de fixation. Ces sites de fixations peuvent être résumés dans un modèle probabiliste appelé motif de fixation, il est ainsi possible de prédire la fixation du TF associée à ce motif. Cependant l'utilisation seule de ce motif peut conduire à faire beaucoup d'erreur de prédiction. Un modèle de régression récemment créé dans l'équipe utilise le fait que les TF se fixent ensemble afin de réguler la transcription. Nous utilisons donc les motifs d'un groupe de TF déterminé grâce à de la sélection de variable, afin de prédire la fixation d'un TF ciblé. Ce modèle montre de meilleur performance dans la prédiction de fixation du TF. Au cours de cet exposé je détaillerai ce modèle et comment on sélectionne le groupe de TF. Aussi, je montrerai la méthode basée sur des treillis que nous avons créée afin d'améliorer ce modèle en utilisant l'information de position des TF dans les séquences.