Séance Séminaire

Séminaire de Probabilités et Statistique

Soutenance de thèse de Louis Raynal Inférence statistique bayésienne pour les modélisations donnant lieu à un calcul de vraisemblance impossible

Dans un processus d'inférence statistique, lorsque le calcul de la fonction de vraisemblance associée aux données observées n'est pas possible, il est nécessaire de recourir à des approximations. C'est un cas que l'on rencontre très fréquemment dans certains champs d'application, notamment pour des modèles de génétique des populations. Face à cette difficulté, nous nous intéressons aux méthodes de calcul bayésien approché (ABC, Approximate Bayesian Computation) qui se basent uniquement sur la simulation de données, qui sont ensuite résumées et comparées aux données observées. Ces comparaisons nécessitent le choix judicieux d'une distance, d'un seuil de similarité et d'un ensemble de résumés statistiques pertinents et de faible dimension. Dans un contexte d'inférence de paramètres, nous proposons une approche mêlant des simulations ABC et les méthodes d'apprentissage automatique que sont les forêts aléatoires. Nous utilisons diverses stratégies pour approximer des quantités a posteriori d'intérêts sur les paramètres. Notre proposition permet d'éviter les problèmes de réglage liés à l'ABC, tout en fournissant de bons résultats ainsi que des outils d'interprétation pour les praticiens. Nous introduisons de plus des mesures d'erreurs de prédiction a posteriori (c'est-à-dire conditionnellement à la donnée observée d'intérêt) calculées grâce aux forêts. Pour des problèmes de choix de modèles, nous présentons une stratégie basée sur des groupements de modèles qui permet, en génétique des populations, de déterminer dans un scénario évolutif les évènements plus ou moins bien identifiés le constituant. Toutes ces approches sont implémentées dans la bibliothèque R abcrf. Par ailleurs, nous explorons des manières de construire des forêts aléatoires dites locales, qui prennent en compte l'observation à prédire lors de leur phase d'entraînement pour fournir une meilleure prédiction. Enfin, nous présentons deux études de cas ayant bénéficié de nos développements, portant sur la reconstruction de l'histoire évolutive de population pygmées, ainsi que de deux sous-espèces du criquet pèlerin Schistocerca gregaria.