Séance Séminaire

Séminaire de Probabilités et Statistique

Évolution gaussienne de traits quantitatifs sur des phylogénies : calculs de gradients et inférence bayésienne

Les méthodes comparatives phylogénétiques ont pour but d'étudier la distribution de traits quantitatifs au sein d'un ensemble d'organismes non indépendants, liés par une histoire évolutive partagée. Conditionnellement à cette histoire, les traits observés peuvent être vus comme le résultat d'un processus stochastique courant sur les branches d'un arbre phylogénétique. On décrit ici un cadre d'inférence bayésienne pour l'étude de ces modèles d'évolution. Celui-ci repose sur une méthode de type "Hamiltonian Monte Carlo" (HMC) rendue possible grâce, d'une part, à une procédure d'échantillonnage de l'espace contraint des paramètres du modèle, et, d'autre part, à une méthode de calcul efficace du gradient de la vraisemblance, qui exploite la structure arborescente du problème. La méthode proposée peut s'appliquer à une large gamme de processus stochastiques gaussiens, rendant possible une modélisation fine des divers processus biologiques mis en oeuvre. Elle est implémentée au sein du logiciel d'inférence phylogénétique BEAST, et permet, à titre d'exemple, de jeter un regard nouveau sur le problème de l'héritabilité de la virulence du Virus de l'immunodéficience humaine (VIH).

INSCRIPTION pour participation sur place (limité à 15 personnes) : https://framaforms.org/seminaire-de-probabilites-et-statistiques-du-1210-1601904814

WEBINAIRE ouvert à toutes et tous : https://umontpellier-fr.zoom.us/j/85813807839